Né en 1925, il vit à Kyoto avec sa famille à partir de 1930. Sa mère, très impressionnée par les effets thérapeutiques du shiatsu, invite les plus grands maîtres du moment notamment Tenkeï Tamaï qui partage leur vie durant les stages.
Dès l’âge de treize ans, Masunaga est donc initié aux différentes techniques du Shiatsu.
En 1949, il est diplômé de psychologie et poursuit ses études de thérapeute.
En 1959, il est chargé de cours de psychologie clinique à l’Académie Japonaise de Shiatsu.
Il fonde le IOKAÏ en 1960, il ouvre l’institut IOKAÏ à Tokyo huit ans plus tard.
Jusqu’à sa disparition en 1981, il enseignera le shiatsu des méridiens basé sur sa propre théorie et son expérience clinique non seulement au Japon mais également à l’étranger (Hong-Kong, Corée, Canada, USA, Europe).
Son innovation majeure aura été, partant des textes anciens, de redécouvrir, au travers de son expérience clinique, le parcours de chacun des douze méridiens dans l’intégralité du corps et d’étendre à l’intégralité de ces parcours la pratique du Shiatsu, afin d’en parfaire la technique et d’en accroître l’efficacité.